Pembuatan pupuk dari kotoran bebek dapat dilakukan yakni dengan proses pengomposan. Namun ada hal yang perlu diperhatikan yakni kotoran bebek umumnya memiliki kadar air yang tinggi sehingga menimbulkan kecenderungan bau yang menyengat. Untuk mengatasi permasalahan tersebut maka perlu diturunkan kadar air pada kotoran bebek tersebut. Hal itu dapat dilakukan dengan menambahkan beberapa limbah pertanian yang sudah kering, misal jerami padi, daun kering. Jadi dengan adanya sekam pada kotoran bebek sebenarnya akan mampu menurunkan kadar air pada kotoran bebek saat proses pengomposan sehingga dapat mengurangi bau.

Langkah-langkah membuat kompos dari kotoran bebek:
•    Jika kadar air kotoran bebek terlalu tinggi jangan langsung digunakan untuk pengomposan, maka sebaiknya biarkan sementara untuk mengurangi kadar airnya. Tetapi jika campuran bahan kompos lainnya dalam keadaan kering, maka kotoran bebek bisa langsung digunakan.
•    Limbah pertanian yang akan digunakan untuk pengomposan, sebaiknya dipotong kecil, agar dapat mempercepat proses pengomposan. Jika kompos akan dipakai sendiri, maka pengolahan campuran limbah pertanian tidak terlalu basah. Kemudian sesuaikan dengan kadar air dari kotoran bebek, jangan sampai campuran ini nantinya terlalu basah atau terlalu kering.
•    Kemudian Campuran harus diaduk sampai rata, sehingga konturnya akan berbeda dari bentuk asalnya. Campuran antara kotoran bebek dan limbah pertanian ini sudah siap untuk dikomposting, dan harus ditutup dengan plastik atau terpal. Ini untuk proses komposting dan menghindari percampuran dengan air hujan atau sinar matahari.
•    Campuran diaduk  setiap 3-7 hari untuk oksigenasi dan meratakan proses pengomposan, kemudian ditutup kembali dengan terpal atau plastik untuk melanjutkan proses pengomposan. Biasanya bau kotoran bebek akan perlahan menghilang seiring berjalannya proses pengomposan, dan setelah 3-4 minggu proses pengomposan sudah mulai terlihat. Ada perubahan kontur dan warna pada campuran kotoran bebek tadi dan baunya akan menghilang. Biasanya  penyaringan sudah bisa dilakukan, bila kompos tersebut dikemas dalam plastik atau karung, tetapi bisa juga langsung digunakan untuk menyuburkan tanah pertanian.